在滇缅公路运输的前期，西南运输处对该路的经营占有垄断的地位。滇越运输线的中断、滇缅公路重开后，大量运输机构和车辆集中到此，西南运输处独家经营的局面已不复存在。西南运输处本身由于机构过于庞大，在管理方面存在的诸多问题逐渐暴露出来。当时，通货膨胀日剧，运输处的员工渐感生活艰苦，许多司机和技术人员受私商引诱，纷纷另寻出路。同时，运输中私带客货成风，车队纪律差，管理层内部也勾心斗角，甚至公开责难，主要负责人宋子良于1940年秋离职前往美国，管理显得更加混乱。这种情况引起了军事委员会的注意，因此，蒋介石乃派俞飞鹏前往调查、整顿。1941年11月，西南运输处被撤消，滇缅国际运输业务和管理移交给中缅运输总局。
中缅运输总局于1941年11月1日在昆明成立，俞飞鹏任局长。它基本是由西南运输处的班底改组缩编而来，主要任务是抢运兵工器材。该局机构较为精简，经营也更单纯，再加以滇缅公路沿线新建运输调度专用电台十五部，俞飞鹏又以后勤部部长兼运输统制局参谋长的身份来担任局长；改变了指挥调度不灵的局面，其营运状况得到相当改善；后因1942年5月日军攻占缅甸，中缅运输线中断而被撤销；6月改组为滇缅公路运输局，机构大为紧缩，由葛津任局长。⑥
除了西南运输处和中缅运输总局之外，在滇缅公路经营运输的机构还很多，其中既有官方出资兴办，也有私家商车。据1941年12月统计，在滇缅路近千公里的运输线上，共行驶中国军、公、商车7852辆(不包括国外商车)，计军车3116辆，公车2201辆，商车2263辆。⑦数十个官方营运机构，再加上成百上千的商车老板和上万名司机，滇缅公路的运输真是盛极一时。
三、滇缅公路管理中存在的问题
滇缅公路是仓促之间修成的，而营运又在战时条件下进行，运输中存在问题在所难免。随着抗战持续进行，这些问题逐渐暴露出来。从主观方面来看，滇缅公路的问题主要在于运输管理方面。抗日战争进入相持阶段后，航空与公路运输已较铁路运输为重要。而从运量角度来看，公路运输重于航空运输。所以，国民政府对公路运输的管理高度重视。
自1938年12月滇缅公路开始运输，至1942年4月日本侵占仰光、腊戌的3年零4个月时间内，负责经营管理该线的机构先后或同时存在的有西南运输处、中缅运输总局、交通部滇缅公路运输管理局等。这些机构都是由当时的一些重要人物负责，比如西南运输处主管人宋子良。蒋介石赋予这些机构极大的权力，甚至派有军统人员参与其中，其目的在于通过军事、特务等手段来保持滇缅公路的畅通，提高运输效率，其用心可谓良苦。但是，滇缅公路运行中却是问题不断，管理不令人满意。
首先，由于国民政府本身在抗战中已经逐渐走向腐败，这种腐败也影响到滇缅公路的运输管理。战时交通本极为紧张，但国民政府许多达官贵人却创办了名目繁多的运输公司。如虞洽卿的三北汽车公司、宋美龄和孔祥熙的华华百货公司等。由于大后方日用工业品奇缺，价格上涨，各种官办、商办、官商合办的形形色色的运输公司便乘机走私、贩运大量消费品以牟取暴利。因为这些运输机构各有背景，各自为政，严重妨碍了运输效率的提高。由于国民党政治腐败，其内部复杂的派系斗争、争权夺利现象不可避免的在西南运输处内存在。1940年10月，滇缅路经三个月关闭重新开放后，大批军、公、商车蜂拥而至，争夺入境运输，它们各自为政，秩序混乱，正视察滇缅公路的华侨领袖陈嘉庚在致蒋介石等人的电文中直称：“该路运输管理，自来腐败”。⑧
其次，经营滇缅路运输的机构太多，海内外各分支机构及人事改组频繁。滇缅公路管理机构随战时环境及运输的需要而进行设置或撤销。如果确需改组，本无可厚非，但过于频频改组也造成了其内部职能的混乱与无序。机构的频繁改组和扩充及人事的变化,不仅没有能够提高运输效率，反而使其把主要精力放在机构与人事调整、预算的编制及业务上的交接，同时也使其内部职能多有重复和分散。遇有业务，各科室与各股之间手续之往来繁多，耗费时间，给运输带来诸多不便。⑨最后，英美两国对中国过境运输所采取的左右摇摆甚至出尔反尔的政策，制约了西南运输处运输业务的开展。滇缅公路管理机构在西南办理国际运输，势必与英缅政府进行交涉、往来。
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