天启二年二月三十，雷也山率领八条主力战船由巴达维亚启程，沿途会合了其他五条船只后，于五月十四9抵达澳门。
科恩最终目的是要打开大明的国门，在先后步骤上他却有所选择。葡萄牙人占据大澳数十年，地方西化已深，同时，大澳扼守广州的出海口且为葡萄牙人东方的基地。东印度公司取得大澳，不但可以打开大明的国门，而且可以有力地打击伊比利亚人，所以在科恩的计划中大澳是此行的首选。
本来，伊比利亚人此时应该忙于应付欧罗巴和新大陆的事务，科恩先前得到的消息也说大澳防备松懈。可惜事不凑巧，当雷也山率领舰队抵达大澳城下时，葡萄牙人却已经得到了风声并做好了迎战准备。
雷也山起初尚不知情，于是他仍然依照事前的计划向大澳发起了攻击，并于次日派遣人登陆。然而尼德兰人运气不佳，登陆部队所携的火药桶不幸被岸防炮火引爆，葡萄牙人趁登陆部队弹药用尽发起反攻，一举杀死了登陆的一百三十人并将尼德兰人赶回了船上。
英格兰人与尼德兰的联合并不牢靠。科恩本人就强烈反对分割香料群岛的贸易，而英格兰人对尼德兰人同样缺乏信任。这次英格兰人派出两条船参与，一则是碍于盟约，一则是有心浑水摸鱼。此时眼见攻打大澳的计划失败，英格兰人便立刻脚底抹油拆伙走人了。
雷也山见到葡萄牙人已有所防备而盟友又弃他而去，便只得放弃攻占大澳的计划转而谋取其他的目标。按照科恩的计划，排在大澳之后的第二选择是福建漳、泉近海的浯屿、金门岛或者厦门岛。相比于澳门，这些岛屿虽不能直接打击伊比利亚人，但是大明的市舶司衙门就在月港，而洋船出海的主要港口便是上述这些岛屿。显然，控制了这里不但可以直接影响大明的贸易，并且可以从侧面卡住伊比利亚人的喉咙。
科恩算计得精明，但是他忽略了一个问题。这些岛屿临近大陆，尤其厦门、金门更是大明海防重地，岂能任由他们撒野？雷也山从大澳转向福建，到达漳、泉近海立足未稳，福建水师便迅速反应地派出了战船前来驱逐。雷也山总算不是无智之辈，看到大明水师反应强烈，便果断地掉转船头向东开往澎湖去了。
澎湖属于福建治下，但是大明朝廷在澎湖的军队却非常驻，只有汛兵于冬、春时节前来戍守，夏、秋之际则撤回福建。雷也山此来正是盛夏，朝廷的驻军皆已撤回大陆，结果便宜了雷也山，叫他乘虚而入占领了澎湖。
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