而民间也有传说，秦时，始皇帝遣徐福渡海，率武士并童男童女数千人寻找仙山灵药，以求长生不老。徐福东渡至“平原光泽”（相传为今日本九州）后，因当地气候温暖，民风淳朴，便停留于此，自立为王。同时，令同行者改名更姓，以防追杀。而正因为徐福驻留于此，他带来的武士军人也将中国的兵法在日本传播开来。
根据甲贺望月家望月重家所著甲贺流忍法书《忍术应义传》记载，历史第一个有文字记载的忍者，应该是圣德皇太子麾下的大伴细人。
当时的日本正处于变革之中，圣德皇太子利用大伴细人打听情报，对各处大名、朝臣、乃至百姓的情报了如指掌。此时的大伴细人被称为“志能便”，其作用恰似密探一般，这也是忍者的雏形之一。而圣德皇太子的政敌苏我氏麾下，也有类似于志能便的人员。与大伴细人等人不同，苏我氏麾下的“志能便”其任务并非探听情报，而是针对政敌进行刺杀，以动摇敌对势力。这也是日后人们谈到忍者便想起“暗杀”一词的缘由。
飞鸟时代天武天皇时期，天武天皇与弘文天皇为争夺政权发动了“壬申之乱”。
在这一时期，天武天皇麾下志能便多胡弥为天武天皇立下了赫赫战功，这是有文字记载的忍者参加作战的最早记录，同时，也使忍者从单纯的情报打听和刺杀中扩展到了打击对方军事力量的领域中。
至此，忍者的责任彻底明确——即打听情报与军事打击。但由于忍者职业的特殊性，关于忍者的发展虽有记载，却并无确切的时间。
德川幕府成立后，德川家康对分散各地、名称不一的志能便进行整编，统一称为“忍者”。从此，忍者的名称才最终确定，并随之流传开来。
而日本岛国阴阳师的由来：日本的阴阳师最早出现于飞鸟时代，是隶属于中务省阴阳寮的一个官职。阴阳师基于阴阳五行思想，通过修习阴阳道来占卜、看风水，并从事天文观测和制定历法。后来，阴阳师的职责逐渐超过了律令范围，开始进行预言、巫术和祭祀。到了中世以后，在民间进行预言、占卜等的人也被称为阴阳师，又叫“声闻师”。
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