好景不常，回鹘被另一个称为黠戛斯的游牧部落所击败，国破西迁到甘肃新疆一带，无力支持它在国内地的摩尼教徒。于是以反外来宗教而著名的唐武宗便放迫害摩尼教了。
唐武宗连颁敕令，禁止摩尼教在华传播。这些敕令包括驱逐西域摩尼教僧侣，没收摩尼教寺庙及其的财产，销毁摩尼教经典画像等。在这次迫害运动，确实有不少僧侣因遭受恶待而致死。
并未见有格杀僧侣之明令，但无论如何，摩尼教经此一役，严重受挫，它残存于国内地的教徒，无论是胡人还是汉人，都不能公开从事宗教活动了。在组织上，更不能与西域摩尼教总部发生联系，只能在土自生自灭。
由于摩尼教失去与西域总部的联系，又处于非法的地位，所以派系各自为政，难有统一的组织。摩尼教尽管遭受到致命的打击，但是经书画像尚存，民间自行传习，不过对于官府的迫害显然心有余悸，所以多加变通掩饰。
知识阶层信教者，多崇尚该教的自律苦行精神，站在儒释道的角度，吸收该教的合理成分，自成其一宗。这些知识教徒效法佛寺道观，陆续建立了一些明教寺院，隐居其，自我修持，坐而论道。这些寺院，最著名的有建于宋初或五代，位于浙江的崇寿宫，建于元代，位于福建泉州市晋江县华表山麓的草庵。
但知识教徒毕竟是少数，广大民众信奉摩尼教，则多是希望能借助这一个信仰和组织，解脱自己苦难的现实，所以多采用秘密结社的形式。宋代农民运动，特别是在江浙和福建一带，反抗官府的农民所参加的诸多秘密会社，不少都吸收了摩尼教的成分。而在元代，无论是寺院式的明教，或是秘密结社式的明教，都是相当的蓬勃。
食菜即是素食，许多民间教派都有这一个戒律，而事魔，则是敌方人士对这些教派的贬称，说他事奉妖魔。统治者把所有素食的民间秘密结社都指斥为吃菜事魔，所以在官方的条令，被指为食菜事魔的，可能是明教徒，也可能是其他宗派的信徒。像方腊这个著名的农民领袖，也曾被斥为食菜事魔，所以总认为他就是明教徒，但是方腊与明教实为风马牛不相及。
原英雄倾心归附明教，明教数百年来，一直为人所不齿，被视为妖魔淫邪，经此一番天翻地覆的大变，竟成为原群雄之首，克成大汉子孙兴的大业。其后朱元璋虽起异心，迭施奸谋而登帝位，但助他打下江山的都是明教人，是以国号不得不称一个明字。明朝自洪武元年戊申至崇祯十年甲申，二百十年的天下，均从明教而来。
朱元璋一伙说成是明教徒，说他的江山是明教人打下的，所以国号不得不称一个明字，认为明朝与明教有着密切的关系。与其说朱元璋一伙是明教徒，不如说他们与白莲教等其他秘密教派更有密切关系。
宗教的教义礼仪都是互相渗杂，互相吸收的，民间宗教更是如此。与朱元璋一道反元的起义各教派，不无吸收明教的某些教义礼俗，其也有自命为明教者。但如果说朱元璋便是明教徒，大明帝国是明教徒打出来的，明朝国号源自明教，这尚缺乏足够的证据。
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