司马睿，姓司马，名是单字一个睿，字景文，他是琅邪王司马觐与妻子夏侯氏的儿子，认为他是司马觐的儿子，毕竟他一直都是以司马作为自己的姓氏，而且他所建立的东晋姓的也是司马。
但也有人说，司马睿是夏侯氏与牛金偷情生下的，也就是说，司马睿是牛金的儿子。其实在实行一夫多妻制的中国古代，这还是有可能的，因为有可能夏侯氏当时并不受司马觐的宠爱，而人又都是有想要的时候，为了满足自己的那份的想要，她一不小心就犯了错。
不过也有人说，当时牛金已经可以算老人了，就算与夏侯氏偷了情，他的生育能力应该也退化了，不会让夏侯氏怀孕。
另外还有一种说法认为，司马睿是夏侯氏与一个姓牛名钦的下人偷情生的孩子。这种说法与当时牛继马后的预言有关，当时牛金因为这一说法，被皇帝防备认为他们牛氏会取代司马氏的帝位，所以就将牛金给处死了，但是夏侯氏却与姓牛的下人生下了司马睿。而司马睿后来成为了东晋的皇帝，虽然姓的是司马，但毕竟是牛姓的骨肉，所以那个预言还是实现了。
东晋统治阶级主要由世族掌权，由于军权外重内轻，不少方镇心怀野心，造成了王敦之乱、苏峻、祖约之乱及桓温专政。此时虽然陆续有北伐以收复失土，但因为内部矛盾而始终未能重建巩固的全国统一政权。
前秦出动举国之师，意图灭亡东晋。面对亡国之祸，东晋君臣一心，这是成立以来最团结的一次。淝水决战后前秦崩解，谢安、谢玄等人成功的收复大批失土。
然而后期又发生朋党相争及桓玄篡位，由于平民负担沉重，又发生孙恩、卢循之乱。谯纵占据蜀地自立，最后刘裕崛起，平定了诸乱，并夺得皇位，进入了南北朝时期。
东晋初期，王导等人采取镇之以静的策略，以稳定局势。东晋的庄园经济的程度比西晋更重，由于农业技术的提升，在侨姓世族与吴姓世族密集的开发之下，江南获得全面开发而繁荣兴盛，中国的经济中心也逐渐往南移，使得后来有大运河的出现，在手工业和商业方面也有长足的进步。
因为北方的外患威胁仍然存在，东晋朝廷赖世族及方镇的支持以稳定局势，这使得不少士族掌握强大的武装形成了割据。王敦素来桀傲，他有意控制朝廷，晋元帝为了抑制王氏的权势，以刘隗、刁协、戴渊等人牵制，并防御王敦，削弱他的兵权。
王敦利用祖逖的去世与京城防御的不足，发兵攻陷建康，刁协等人被杀，晋元帝忧愤而死，太子司马绍继位，是为晋明帝。当时王敦想要专权，移镇姑孰而后病危，晋明帝下令讨伐，平乱成功，由于王导并未附逆，所以王氏仍受晋室所重用。
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