而朱由校让茅元仪办了一份新报纸，名字就叫《大明科学报》，这是一份内部报纸，发行范围很小，主要是京师大学堂研究院和兵器局，第一期学报中，首先介绍了什么是科学。
科学，指分科而学的意思，指将各种知识通过细化分类研究，形成逐渐完整的知识体系。是关于发现发明创造实践的学问，是人类探索研究感悟宇宙万物变化规律的知识体系的总称。科学是一个建立在可检验的解释和对客观事物的形式、组织等进行预测的有序的知识的系统。科学还指可合理解释，并可靠地应用型知识的主体本身。
这个解释比较拗口，但朱由校实在是想不到如何用文言文来翻译它，而徐光启他们的翻译又会让一般人根本不明白是什么意思，所以索性就用大白话来解释。
也许是受到对科学解释的影响，科学报通篇都是用的白话文。第一期报纸上，朱由校提出了科学的研究方法应遵循的一般原则有：1、研究程序的公开性；2、收集资料的客观性；3、观察与实验条件的可控性；4、分析方法的系统性；5、所得结论的再现性；6、对未来的预见性。
而至于科学的研究方法，朱由校也专门写了一篇文章来阐述。他认为，进行科学研究，第一是要认识到问题的存在。例如，在研究物体的运动时，首先应当注意到物体为什么会像它所发生的那样进行运动，亦即物体为什么在某种条件下会运动得越来越快（加速运动），而在另一种条件下则会运行得越来越慢（减速运动）。
第二是要把问题的非本质方面找出来，加以剔除。例如，一个物体的味道对物体的运动是不起任何作用的。
第三是要把你能够找到的、同这个问题有关的全部数据都收集起来。例如，可以有意地让一些球从一些斜面上滚下来；这样做时，既可以用各种大小不同的球，也可以改变球的表面性质或者改变斜面的倾斜度，等等。这种有意设计出来的情况就是实验。
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