为了打倒缺陷，拥有解码(Decode)能力的孩子们被御神乐米蕾发送的电子邮件召唤到数码世界，在创始村长老公公兽的指引下踏上旅途。
“解码(Decode)”，将被信息化的数据恢复到原来状态。是指复原被压缩的数据，解读被暗号化的数据的行为。在数码兽世界内，数据的集合体数码兽和数码世界的信息解读，恢复到正确的形式，能够引发出原本以上的能力。主人公所拥有的适正能力的强弱被称为“解码等级”。
“严格说起来，基兹兽们是人工数码兽，其他的数码死神等不是数码兽。”美树原诺伦扮演着新手村村长的身份，为玩家们提供指引。
“拥有解码能力的驯兽师们，能拜托你们解读数码死神的信息吗？”世界树7d6开口求助道。
“没有问题，我们就是为了提供帮助而来的。”
大河点了点头，蹲下身体将双手按在地面上，使出解码的能力，透过地底下的代理数码死神们彼此连结的缆线，解读其本体情报。在解码过程中，大河目睹到数码死神战斗的过程，以及造成的无数伤亡，脸色不禁白了几分。就在大河的精神即将承受不住可怕场景冲击之时，解码能力回馈了数码死神身体内部的画面。
脑海接收到的画面中，一个银发少年抱膝而坐，身旁有一只科幻风格的天使外型怪物。只见那只怪物突兀地转头，正对着大河的方向咧嘴一笑，下一瞬间，大河的解码能力就被外力强行阻断。
“太可怕了，我被对方发现了。”大河额头上冷汗直流，牙关打颤地述说着方才眼中所见的景象。
“龙马在数码死神体内吗？不是一个好消息哪，我们不知道本体在何处……”悠冷静地说道，虽然嘴上这么说着，但是脸上却不见慌张之色，显然已是胸有成竹。
经过紧急的外伤处理之后，大器的状况好了许多。最强的指挥官大器打起了精神，先是颔首附和悠的说法，而后加以补充道：“还是有希望的，依靠大河的解码能力找出数码死神的真身，逐步消灭完战场上的代理数码死神之后，最终集结全部的力量救回龙马！”
“事情恐怕没有那么简单。先不谈论龙马本人的意志如何，如果数码死神挟持龙马作为人质，数码兽猎人之中应该没有人下得了手吧！”切羽面色冷峻地指出一种糟糕的可能性，言下之意，就是数码死神掌握了有利的谈判筹码。
“烦死了！我们直接冲过去打倒数码死神的本体，救回龙马不行吗？”不擅长思考的激苦恼地扯着头发，不管三七二十一地大喊道。
“本来对于数码死神的情报和能力问启人是最好的，可惜他现在正在战斗中，抽不开身。”新一竭力发挥他的凡人智慧和普通人等级的观察力，试探性地向众人发问道：“你们有没有觉得，代理数码死神涌出的数量好像减少了，剩下的数码死神们正在往那一个大洞的所在位置收缩？”
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