他提出，“战必胜，攻必取，贼不如我；顺民心，招百姓，我不如贼”，因此要一改以往的屠戮抢掠政策，“严禁军卒，秋毫无犯”。即不仅在战略上改变得城不守之策，要入主中原，在战术上也要招揽民心。多尔衮接受了范文程的建议，并在得到北京为农民军攻破的确报之后，“急聚兵马而行”，与农民军争夺天下！
李自成此时方知事态的严重，于四月十三日亲率部队往山海关讨吴，但仍带有招降他的侥幸心理，行军速度亦颇迟缓，十九日前后才兵临关城之下。在此期间，吴三桂已派出使者向清军求援，使者于十五日便见到了多尔衮，向他递交了吴三桂的信函，表示如清军支援，则“将裂土以酬”。还不是投降的意思。
多尔衮知道这是一个千载难逢的机会，但他非常谨慎，一方面召集大臣谋士们商议，一方面派人回盛京调兵，再一方面故意延缓进军速度，逼迫吴三桂以降清的条件就范。由于事态紧急，吴三桂只得答应多尔衮的要求，请清军尽快入关，因为二十一日清军还距关十里，而关内炮声隆隆，喊杀阵阵，农民军已经开始攻城了。
四月二十二日，李吴双方在山海关大战。多尔衮非常了解吴三桂的窘境，因此长时间地作壁上观，在李自成即将攻下东西罗城和北翼城，吴三桂几次派人又亲自杀出重围向他求救的情况下，估计双方实力已大损，这才发兵进入山海关。在与农民军的决战中，他又使吴军首先上阵，在双方精疲力竭之际再令八旗军冲击，结果农民军战败，迅速退回北京。可以说，在山海关以西发生的这次著名战役前后，多尔衮充分利用了汉族内部的阶级矛盾，挟制了吴三桂，使他不得不充当清军入主中原的马前卒。
四月二十九日，李自成在武英殿举行了登基大典，四月三十日，李自成以郊外祭天为名撤出了北京。五月初二，清军进入北京城。
清军占领北京之后，多尔衮严禁抢掠，停止剃发，为明崇祯帝朱由检发丧，博得了汉族士绅的好感，然后迎请顺治小皇帝赴京登基，很快稳定了占领区内的形势。
顺治元年六月，多尔衮与诸王贝勒大臣商议决定，迁都北京。清廷迁都北京既是出于统一中原、雄霸九州的目光，也是基于退可出关外的战略考虑。清廷以多尔衮为首者认为要“以图进取”，必须迁都北京，只有占据这个关口才能进而统一全国，“以建万年不拔之业”。八月二十日，清朝开始迁都。九月，顺治帝从盛京到达北京，封多尔衮为叔父摄政王，赐穿貂蟒朝衣。命礼部为多尔衮建碑纪绩，加赐多尔衮册宝、上饰十三颗东珠的黑狐冠一顶、黑狐裘一袭，金银、马驼等。十月初十，顺治帝在皇极门向全国颁布登基诏书，清王朝正式定都北京，开始了以北京为都城的长达260多年的统治。十月，当顺治帝于太和门重行即位大典加封多尔衮为叔父摄政王的同时，即令为多尔衮建碑纪功，“永垂功名于万世”。从此，在待遇上，多尔衮开始凌驾于诸王之上。
李自成退入山陕之后，原明朝降官降将纷纷反水，但他在顺治元年（1644）六月仍积极准备反攻。另一支农民军在张献忠率领下已建大西国于成都，统一了全川，而多尔衮对此尚不了解。
残明势力已于五月中拥戴福王朱由崧为帝，定都于南京，改年号为弘光，尚拥有中国南部的半壁富庶江山，兵多粮足，构成清朝统一中国的障碍。在这种情况下，多尔衮的战略是：对农民军的主要力量坚决消灭，而对南明政权则是“先礼后兵”。
在此方针领导下，多尔衮先后派叶臣、石廷柱、巴哈纳、马国柱、吴惟华等进攻山西，十月攻陷太原，进而包围陕西。同时，多尔衮派出大量降清的明官对南明君臣招抚，并写信给南明阁臣史可法，提出“削号归藩，永绥福禄”。在南明派出左懋第使团来北京谈判过程中，他将其软禁起来，并不给予明确的答复。此时，清军已于九月占领山东，十月进据苏北，与史可法的军队沿河相峙。
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