阿济格连克十二城，五十六战全胜，抢掠人畜约十八万口，金银无数。
八月二十日，清军撤退，大明兵部尚书张凤翼得知后，率军出京，在后面赶来，尾随清军，却不敢发动攻击。九月一日，清军携带掠获的十八万人畜及其大批物资从容出冷口，他们都穿起盛装吹吹打打地离开，他们还砍下木头，写上“各官免送”字样扔于路旁，戏虐大明将吏，浩浩荡荡，用了四，才全部走出关外。
清军出关后，张凤翼恐被问罪，自杀于军帐中。
清军第三次入关的消息传到西北，张壮正带军与曹变蛟一起围住了过星这一支三万多的人马。崇祯九年开始，西北官军清剿民变的成绩斐然。
一月，卢象升在滁州击散高迎祥李自成部，斩获四千多首。
三月，高迎祥李自成分兵，高迎祥一路走一路吸收流民，迅速扩大到十万人左右。有了充足的兵力，高迎祥想出其不意，攻下西安。
此时洪承畴正与李自成战于陕北，负责西安防区的是新任陕西巡抚孙传庭。
为剿灭起主军，孙传庭在榆林建军，号称秦军。
秦军虽然只有两万，可面对十万的高迎祥的队伍，孙传庭没有害怕，而是充满信心。
在与自己的参谋们商议之后，孙传庭料定高迎祥的人马肯定会从子午谷入，然后直逼西安。孙传庭于是将自己的两万秦军埋伏在子午谷的黑水峪，以逸待劳。
果然，高迎祥的行动被孙传庭料中，十万流民被两万秦军击溃。
高迎祥在战斗中受伤，躲到一个山洞里。孙传庭咬着高迎祥不放，派出几千人，终于将受伤的高迎祥生擒。
高迎祥被擒的消息传到紫禁城，崇祯帝一时还不敢相信，在西北纵横七年的‘闯王’竟然被擒了。高迎祥迅速被押往京城，最后被崇祯处以凌迟，因为一年多前，挖朱家祖坟就是高迎祥带的头。
不过，当起义军首领们得知崇祯凌迟高迎祥之后，他们不但没有害怕，而且开始以同样的血腥的手段对付朱家皇室。起义军每克一个大城，凡朱家的人，不管是否投降，一律处死，而且是全家斩绝。义军与朱氏皇朝，终于形成不死不休的局面。
清军第三次入关，崇祯召卢象升率雄军保卫京城。
卢象升回京城，却没有碰上清军，清军已经撤退。
此时西北官兵们清剿民变取得不少的成绩，由于孙传庭的崛起，崇祯没有将卢象升放回西北，而是让他留在宣府，总督宣（府）、大（同）、山西军务。
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