这里的机构设置得比牛头山根据地还齐全，毕竟大别山根据地的地盘更大，而且国难时期也不会有当局来干涉，手握了上方宝剑的赵翰青搞起来就更加理直气壮。
各部门的人员由爱国的开明士绅、有威望的农民和各个队伍选派的人联合组成，这样可以让他们互相牵制和监督，参与其中也能提高他们的热情。
随着机构的成立，根据地的建设也逐渐铺开，下一步主要就是农村和农民问题了。首先就是派工作队下去发动群众在各村寨成立了农民协会。
农民协会归抗日军政委员会管辖，算作是军政委员会之下的基层权力机构。其实大别山的有些地方在大革命年代成立了红色政权，最基层的红色权力机构就是农会。大革命失败之后随着*的队伍长征之后，红色政权随之被消灭，革命者遭到了屠杀，剩下的也都蛰伏起来了。但是现在建立的农民协会跟以前的农会又有所不同，并没有像*提出的一切权力归农会，也没有号召一个阶级去推翻另一个阶级。
农民协会只是处理一般事务表达农民诉求的一个组织，说白了只是赵翰青用来对抗大别山根深蒂固的本土势力的一个手段，他并不想让大别山混乱起来的，眼下国难当头，他需要的是一种平衡，而不是一方势力的绝对崛起。因此，农会里不仅仅有穷人，还有士绅、教书先生这样有身份的人，一切爱国而且拥护抗日同盟军的人都是他团结的对象。()
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