无论杨秀清还是韦昌辉，能力是有但野心太大，一朝掌权便有些目中无人，这样的行为自然会深深刺激到洪秀全，使其对外姓之人的信任度降至冰点以下。
刚开始时是没办法，杀的人太多搞得城内人心惶惶局势不稳，洪秀全又一度沉迷与宗教事务疏于政务，要他这时亲自主持大局还真是难为人。
而且之前战略错误的后果也逐渐显露，被太平军按着脑袋狠揍一顿的江北大营重新立起不说，就连新任钦差大臣兼江南大营统帅和春也是蠢蠢欲动。
更不要说吃过大亏的尚荣，虽然被调去山东弹压地方，但无时无刻不想着杀回江苏与太平军拼命。
因此，此时的天京其实外部环境非常恶劣，只是清军还在调兵遣将调整部署，看起来没多少威胁而已。
所幸石达开文武全才，应付这么点小场面自然轻而易举。
等到金陵城中的太平军高层发现安徽清军只是在大练兵，并没有针对天京的意思后也暂时放下心来，有闲功夫搞搞内斗整整人。
石达开做得越好，在天京军民当中威望越高，洪氏兄弟便越是忌惮。
有了之前杨秀清和韦昌辉的例子在那，洪秀全怎么也不会在眼睁睁看着又一位权臣崛起。
于是，暂时没了外部威胁的天京城，由洪氏兄弟掀起股股汹涌暗流，目标直指掌握天京行政大权的义王石达开！
石达开又不是傻子，有了之前杨、韦二人的榜样在前，加上家人亲眷早已遇难没了拖累，很快就发觉了洪天王兄弟对自己的恶意。
为了避免遭遇杀身之祸，石达开不得不趁机带着几千心腹兵将出走天京。
石达开被迫出走，实际上是天京内讧的继续。由于天京内讧和石达开从天京及其它地区带走大量部队，太平天国的元气大伤，整个战争形势也随之急剧逆转。
在江苏战场，江南大营的击破和向荣的离去，曾使清军遭到沉重打击。但由于天京内讧，给了清军以重整旗鼓的机会。
之后的1857年7月16日，清军攻陷句容，12月27日又攻陷镇江和瓜洲，太平军守将吴如孝逃回天京。
次年1858年1月，清军恢复江南大营，再次围困天京。
而在湖北战场，由于石达开东返天京，清军加紧围攻武昌。太平军守将韦志俊因困守已久，又不见援兵到来，加之其兄韦昌辉在天京被处决，丧失了坚守的决心，遂于1856年12月19日放弃武汉。武汉一失，鄂东各州县随之不守，太平军的湖北根据地全部丧失。
在江西战场，1857年3月，曾国藩接到其父的死讯，于是奏请回籍丁父忧，并且不待谕旨到来便委军而去，离开江西回到老家，借此摆脱困境。
曾国藩回去之后重整旗鼓，率领湘军于1857年10月26日攻陷湖口和梅家洲，被太平军分割二年多的湘军内湖与外江水师得以重新会合，这一带的长江水面又被湘军控制，形势对于太平军而言已十分危险。
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