这个雄才大略的君主，既然知道兄弟的感情，他就知道蒙哥的所为对蒙古帝国的伤害。他已经不是“小忽”了，在儒生们的教导下，他比所有蒙古人都更了解“怀柔”的含义。在汗位的问题上，他放弃了蒙哥大肆屠杀的方法，而改以尽量的宽大。
（中统元年）世祖遣使谕阿里不哥。不奉命，杀诸王阿毕世喀，引兵而东，以出木哈儿、合剌札为前锋，遇世祖所遣亦孙哥之军，一战而溃。是年冬，车驾至和林。时阿蓝答儿浑都海已伏诛，阿里不哥驻谦谦州，知不敌，遣使归命，请俟马肥入觐。且云愿约伯勒克、旭烈兀、阿鲁忽三王同入朝。世祖允之，命速来，勿俟三王，以亦孙哥守和林待之。车驾还开平，遣散余军。
在和阿里不哥的争斗中，忽必烈明显占有优势，但他第一次交锋没有赶尽杀绝。相反，他得到对方认输的承诺后，还让征集来的军队回家了。
二年秋，阿里不哥至和林，伪言归顺，出不意突攻亦孙哥，败之，遂据和林，乘胜逾漠而南。帝闻警，亟征兵，自将御之。冬十一月壬戌，战于昔木土淖尔。国王塔察儿为左翼，亲王合丹、附马纳陈为右冀，亲王拨绰将中军，斩其将合丹豁尔赤，阿里不哥大败。敕勿穷追，俟其悔悟。
阿里不哥见无追兵，越十日，回兵再战于阿儿忒之地。自旦至晡，胜负未分，而阿里不哥退走。是时阿鲁忽引兵至忽只儿之地，杀阿权里不哥守将唆罗海，将归命于世祖。阿里不哥因是亟引而西，欲攻阿鲁忽，道过和林，不守而去。帝抚定和林，免其今年赋税。十二月，车驾还大都。
在第二年的再次交锋中，他还是尽量让对方自己认输，没有进行追杀。
说忽必烈后路不稳，有不安全感，不敢过于远离大都，有点道理。说他仁慈？那不会，他是个睚眦必报的家伙。他两次征讨日本失败，始终耿耿于怀，一直积极准备进行第三次征讨，如果不是北元的现实情况实在是不允许，他早就动手了。
他的这个“仁”，是他比儒生们更清楚，这是蒙古帝国，草原上的人是帝国的基石。没有了这些人，帝国的大厦就会轰然倒下。在这场汗位的争夺中，他更多的采用收买的方法。
（中统元年）十二月，赐亲王穆哥银二千五百两；诸王按只带、忽剌忽?、合丹、忽剌出、胜纳合?银各五千两，文绮帛各三百匹，金素半之；诸王塔察、阿术鲁钞各五十九锭有奇，绵五千九十八斤，绢五千九十八匹，文绮三百匹，金素半之；海都银八百三十三两，文绮五十匹，金素半之；睹?赤、也不干银八百五十两；兀鲁忽带银五千两，文绮三百匹，金素半之；只必帖木?银八百三十三两；爪都、伯木?银五千两，文绮三百匹，金素半之；都鲁、牙忽银八百三十三两，特赐绵五十斤；阿只吉银五千两，文绮三百，金素半之；先朝皇后?古伦银二千五百两，罗绒等折宝钞二十三锭有奇；皇后斡者思银二千五百两；兀鲁忽乃妃子银五千两。自是岁以为常。
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