荷军看到双方兵力悬殊很大，不得不求和。经过双方谈判，签订三项议和条约：2.荷兰放弃澎湖岛；2.大明允许荷兰通商；3.荷兰染指台湾，明朝政府可以不问。
荷兰侵略者从澎湖败逃出来后，转到台湾。抵达台湾西海岸，骗得当地居民的信任，经台江在安平地区登陆。明朝政府于收复澎湖后，为胜利所陶醉，没有派兵追击。结果使荷兰侵略军在台湾南部站稳了脚跟。
崇祯皇帝朱由检一直没有说什么，听着郑芝龙给他介绍大明海域。主要是东南海域的势力变迁。
钱谦益愤愤然道，“皇上，这些洋人太无法无天了，这个什么荷兰，必须给与打击，不然不能显示我大明国威”
郑芝龙看了一眼崇祯皇帝，皇帝的表情并没有什么变化，英俊的有些失真的脸，年轻，却很沉稳。
郑芝龙接着话题说道，“当时侵占大明台湾的还有另一个西方国家，西班牙。早在万历年间，西班牙驻马尼拉总督曾向其国王建议，占领台湾，阻止日本南侵。西班牙驻马尼拉总督率舰2艘、兵200人，企图占领台湾，因遇逆风，未能得逞。
到了天启四年，荷兰占领台湾南部后，西班牙的海上航行和贸易受到威胁。西班牙驻马尼拉总部派遣提督安敦尼率板船22艘、士兵300人，由吕宋出发，越过巴上海峡，沿台湾东海岸北上，5月22日在三貂角登陆，因该地难于立足，又继续沿岸北上，22日进入鸡笼港今基隆港，在鸡笼屿今和平岛登陆，并在该岛西南端修筑基隆城西班人称为圣救主城和两个炮台。
因此目前大明东南海域主要是日本和大明的海盗，以许心素为主要势力，再就是荷兰人和西班牙人的外来势力，这三股势力对我大明海域形成了很严重的威胁。”
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