5月日，史迪威偕新2军军长郑洞国、新30师师长胡素、第50师师长潘裕昆、总部参谋长柏特诺来到密支那调整指挥系统。
由柏特诺代表史迪威在密支那设中国驻印军战斗指挥所，执行指挥；由麦克姆任战地指挥官，统率在密支那的各部队；以亨特任第5307团指挥官。在密支那的中**队分别由胡素、潘裕昆统率，原中美联合突击支队的编组予以撤销。
柏特诺比梅里尔更无实战经验和指挥能力，他不敢身临前线，只凭各级联络官的报告指挥，而且求功心切一意孤行。
从5月25日至6月25日间，他不听中国指挥官合理建议，不顾客观情况，多次轻率发动大规模进攻，致使中美士兵伤亡惨重，每天只能推进50至200米。柏特诺反而污蔑中**队“作战不力、逡巡不前”，甚至将师长胡素擅自撤职，遣送回国。
在此期间，正是由于柏特诺没能接受中**官关于切断日军与孟拱、八莫的通道之建议，使日军得以从八莫和孟拱两地增援，从而引起史迪威不满，于6月25日将柏特诺撤职，另以韦瑟尔斯（魏赛尔）来密支那继任。
但以后的作战实际上由郑洞国指挥。郑洞国以对壕作业向前推进，并注意步、炮、空的协同，伤亡大减，激战至8月4日，完全占领密支那及河对岸的宛貌，肃清了各处日军残兵。日军指挥官水上少将自杀，第224联队联队长丸山大佐率少数残兵逃往八莫。
此役共歼灭日军官兵四千余人（其中击毙2，300余人，俘虏69人），历时三个多月的密支那作战至此结束，驻印军反攻缅北第一期作战任务也胜利完成。
8月5日，新编第6军第24师第42团从宛貌出发，向丹邦阳追击日军。密支那攻克后，中国驻印军便在南马、和平、孟拱、甘马因和密支那一带集结整补。
军委会命令将中国驻印军编成两个军，设立副总指挥部，由郑洞国任副总指挥，下辖新2军和新6军。新2军由副军长兼新38师师长孙立人任军长，辖新30师、新38师；新6军由新22师师长廖耀湘任军长，辖第24师、新22师、第50师。以新2军驻密支那地区，新6军驻孟拱地区，立即整训，限20月初完成。
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