三天后一切准备就绪，崇祯留下兵部侍郎孙传庭，总督北京，并且给孙传庭留下了10万新兵守卫皇城，自己带了10万新军步卒和2万新军骑兵开始北巡三海关，袁崇焕带回来的关宁2万铁骑出于某些顾虑崇祯并没有带上。
新军一共25万兵力，其中骑兵5万，皇太极围城前，崇祯让卢象升带走4万，在城外埋伏。其余一万人马撤回内城和腾骧四卫的2万人马一起守卫皇城，20W步兵在守卫北京城中，并没有正面作战，依然保持了20万人的编制，卢象升带出的4万骑兵，有2万是铁浮屠这样的重骑兵，在冲散女真人的阵形，逼迫皇太极跑路后，这2万铁浮屠负甲太重，不善于追击，就留在北京城。
崇祯抽给孙传庭留下10万新兵步卒，不过为了防止袁崇焕留在北京城的那2万关宁骑兵叛乱，崇祯把守卫皇城的那一万骑兵也留给了孙传庭，不过北京城城墙上的那些红衣大炮，全部被崇祯拆下来带走了，新军建军的时，崇祯让人建造了五十门红衣大炮交由新军使用，后来女真人逼近崇祯再次命人有赶制了50门，共百门大炮全部被北巡新军带走了，
经过这一役，短时间没有那只军队有能力一路打到北京城了，城墙上的那些巨弩用来防守北京城足够了，在秦良玉的统领下，12万新军拉着大炮，护着崇祯，有条不紊的开始北巡。
在召回秦良玉前，崇祯给福建巡抚南居益下了一道圣旨，命南居益率大小战船80艘前往山海关接应自己，崇祯特意让东厂的人查过，现如今整个大明水师也就剩余百十艘战船，大部分集中在建巡抚南居益手下，原本袁可立在登莱时期，还有不少战船，可是这些战船在袁可立退休后，都落到毛文龙手里，现在毛文龙被杀，那些船大部分不知所踪了。
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