在小智等人获胜后，秋叶原博士像是发现了什么一般的离开了。給人的感觉很是慌张。在搞清是神奇宝贝中心那边的问题后，秋叶原博士立刻打电话给乔伊，询问对方对自己的传送程序做了什么。在听到乔伊说，小精灵中心派人来安疫苗系统，进行强力杀毒，秋叶原博士不由惊呼，他们好不容易将火箭队打跑，马上就要将道路清理干净的时候，居然来了一个强效杀毒软件！
意识到事情要遭殃的秋叶原博士快速的去通知小智他们。小智等人还来不及惊慌，就听到原本安静的电脑世界突然响起了警笛。
只见那个疑似救护车的疫苗程序，在发现他们的瞬间，便让程序瞄准了他们。准备清理，小智急忙让3d龙过来，然后乘坐上去。
3d龙飞起后，刚好看到了往这边赶的火箭队一行人。武藏还不知道发生了什么事，依旧在哪里叫嚣着，要和小智他们进行决斗。
小智大声的喊道“你们还不快点逃走的话，就会永远都回不去现实世界了哦！”
武藏等人还在迷茫着，小智已经被利欧路拽了回来。利欧路答应小茂，要照顾好小智的。
疫苗软件将火箭队立着的大的停止盘炸废后，精灵球开始进行固定的传送。被积压的大量的精灵球四散开来。火箭队被精灵球推了出去。而在火箭队的前方，疫苗软件正稳定的驶来。
就在武藏和小次郎以为自己即将要死在电脑世界里时，喵喵乘坐在3d龙身上，大声的问道“你们在胡说什么啊，再不快点上来，我就要逃走了。”
武藏和小次郎这才想起来，他们有3d龙。急忙爬了上去，然后全速开逃。
在小智和火箭队身后，疫苗系统见病毒如此顽强，开始了变形。更具有攻击性的外形，让小智他们不得不催促着3d龙加速逃跑。然而疫苗系统怎么会让作为病毒存在的小智等人如此轻易逃脱？释放出的追踪导弹直接导致小智他们翻船，从3d龙的身上掉了下去。
利欧路作为格斗系的小精灵，拿这种完全失重的环境根本没有办法。好在3d龙很快的恢复了神智，及时的冲了下来，接住了他们。
于此同时，秋叶原博士也为他们指明了离开电脑世界的出口。眼看出口近在眼前，小智为3d龙打气道“很好，快点，3d龙。”
就在小智他们看到出口，马上就可以离开电脑世界时，神奇宝贝中心的工作室内。乔伊和小精灵中心派来的程序员，正盯着电脑。看着代表病毒的红点四处窜逃。打开了疫苗系统最为强大的指令。
疫苗系统居然使用了能量炮，那一瞬间造成的巨大能量，直接导致了传送系统出现了错误。
乔伊在听到程序员说因为之前的攻击，导致系统出现了错误后。直接用疑似命令的口气道“请你快点修复好它，还有禁止使用刚才那个指令。如果传送系统崩溃，那些小精灵都会消失的。”
当武藏睁开眼时，便看到天上有个奇怪的洞，四周黑还带了点蓝。不由开口问道“这是哪里？”
“我们落入故障区的洞里了。”喵喵在一旁回答了武藏的问题。
“如果我们不赶快离开这里，疫苗就要来了。”小次郎在墙边进行着努力。
然而让火箭队觉得绝望的是，3d龙因为之前的爆炸而晕了过去。他们如今算是孤立无援了。
小智他们即将逃出电脑世界，但是因为火箭队他们掉进未知的洞中，小智觉得他们应该去把他们救出来。
小霞并不赞同小智的这个想法。小智紧抿着唇看着火箭队所在的洞口，发着呆。
利欧路看向小茂，小茂看着小智，最后无奈的叹了口气。挪到小智身旁，轻声道“那毕竟是人命不是吗？既然还能努力一把，何必放弃努力的机会，而让未来去悔过？”
小智吃惊的看着小茂，小茂却是笑着拍了拍小智的肩膀。小霞和小刚见小茂这么说了，也不好在说些什么。而这时，疫苗系统已经对准了火箭队他们所在的漏洞。
火箭队三人正进行求饶，但在疫苗系统里，他们和病毒是没有区别的。就在他们绝望之际，两条藤鞭缠绕在他们的身上，将他们从被疫苗系统修补的漏洞中救了出来。
火箭队没有看到获救的过程，因为过度的紧张，他们昏厥过去。当再度清醒，迷茫的看着四周后，便听到某个讨人厌的小鬼头大声问道“喂，你们还好吗？”
在发现自己还活着后，火箭队的三人兴奋的讨论活着的感受。但因为火箭队的晃动，导致3d龙整个飞行不稳。
小霞惊慌的问道“3d龙从刚刚开始就有些不对，是怎么了吗？”
小茂和秋叶原博士同时回答了小霞的问题“可能是你/我们超重了。”
小刚询问3d龙的情况，3d龙强撑着，表示自己没事。小霞却是对让3d龙极为不舒服的火箭队三人无感的说道“果然还是应该丢下他们。”
“啊，你想做什么？”火箭队三人开始了又一轮的动作。只是这次是被小霞话语中随时随地都有可能丢下他们的话，吓到了。
3d龙再度摇晃了起来。本来就超重了，此刻火箭队却不肯闲着的让3d龙增添负担。小茂皱眉冷声道“够了，火箭队，你们三个在不老老实实的在下面呆着，我们就让妙蛙种子松开藤鞭。救你们是为了不让我们自己的良心过不去，但不代表着我们要搭上自己的命。”
火箭队被小茂话里的冰冷吓到了，乖乖的坠在那里。小智三人看着小茂，小茂略侧头，看着三个人几乎都忘记危机的，傻愣的看着自己。知道是被自己刚刚的冷酷吓到了。无奈的解释道“如果不这么说，他们会继续闹下去。难道你们想要因为他们的胡闹而翻船，导致咱们集体完蛋？”
小智三人听到小茂这么说，对比了一下情况，确实，如果再让火箭队他们闹下去，3d龙可能真的会不堪重负的，让他们翻船掉下去。一旦掉下去，他们就真的没有活路了。
想到这里，所有人都不在纠结小茂之前哪一点都不像是小孩子的举动。继续给3d龙加油，鼓劲。毕竟他们已经看到疫苗系统已经对准他们了。
利欧路和伊布看着小茂，它们可不太相信那份说辞。小茂知道骗不了这两个小精灵，无奈的轻声解释道“研究员手上的东西太过重要了，抢夺在所难免。”
是的，研究员发明的东西，有的或许很没用，但有的却是可以影响太多的未知。小茂研究火箭队遗留下的小精灵进化之谜课题，也曾被盯上过。毕竟如果进化可以达到不用小精灵积攒经验，就可以完美进化，那么所制造出来的小精灵军队，该是多么强大？又是多么的节约时间？
伊布作为被研究过的对象，自然明白小茂的苦处。在听到小茂的解释后，便没有在说什么的离开了。而利欧路则是说‘老师，我们没有怪你。你想要探究想知道的事，这并没有错。错的是那些有着坏心思的人类。’
小茂虽然知道利欧路是在安慰自己，但是这话，为何小茂听着有些不好的预感？
虽有疑惑，但此时哪里是想这些的时候？身后疫苗系统已经发射追踪导弹，皮卡丘和伊布使用电击和高速星星将导弹引爆。
奈何就是这样，还是有一颗导弹跟他们来到了现实世界。
‘嘭’的一声，秋叶原博士的家炸了。灰头土脸的小智一行人站在了秋叶原博士的面前。在看到小智他们并没有缺胳膊断腿，这才松了一口气。就在这时，火箭队也从圈内掉了出来。武藏指着小智道“小鬼头，你给我记住了，火箭队真正的实力，可不止这点哦！”
喵喵接话道“但是，今天……”
火箭队三人异口同声的笑着说道“谢谢啦~”随后便跑走了，扬起大量灰尘。
小智等人愣愣的看着火箭队离去的背影，反应一致“哈？”
“啊！”就在小智他们发愣的时候，秋叶原博士突然惨叫一声。小智等人侧头看去，就见秋叶原博士坐在地上宛如斗败了的公鸡一般，苦闷道“我完美的发明，人类传送系统…全变成碎片了。要是它还在的话，人们的生活一定会变得更方便的。”
“下次再制造一个更安全的系统吧。”小智也不知道该怎么安慰这位博士，只能挠着脸，尴尬的笑着道。小智身旁，皮卡丘和妙蛙种子表示了赞同。
在整理了一下仪表后，小智等人回到了神奇宝贝中心，乔伊愉悦的告诉他们，系统开始正常运转了。
小智看着还不放心的乔伊正看着电脑屏幕，轻笑道“没有人知道我们生死攸关的冒险历程啊。”
“这不是挺好的吗？”小刚笑着说道。小霞也在一旁说着类似的话。只有不远处，小茂和利欧路在心中默默想道‘以后开始看牢小智吧，这种冒险还是不要再有了……’
因为小智他们的小精灵都还没得到休息，小智等人便将自己的小精灵托付给乔伊，随后在神奇宝贝中心吃饱喝足便疲惫的睡觉去了。毕竟他们再度醒后，便要踏上旅途。
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