雅克最初还竭力为妻子辩护，可他已无回天之力，不久便离开了人间。接下来雅克前妻的两个女婿与玛格蕾塔展开了遗产争夺战，苏珊娜不曾爱过的丈夫却借此机会攫取了大部分钱款溜之大吉。从此，可怜的玛格蕾塔开始了她漫长的艰难的日子：家庭里不断的内讧，身为寡妇处处被人指戳的境遇，加上人们对她家产的妒忌，内外交困的她，终于在1599年2月19日被4位弗赖堡市民告发为“女巫”，同日便被捕入狱。同时入狱的还有卡塔琳娜和安娜。而在她们之前，作为“女巫嫌疑犯”在押的还有6个女人。
开始玛格蕾塔并不承认她是“女巫”和犯有叛逆上帝的罪行。但在不断升级的严刑拷打之下，玛格蕾塔不得不对强加于她的所有罪名全部招认。她的供认如下：
1.十年前的一个晚上，在她的花园里出现了一个黑面男人，这个男人与她调情，她满足了他的意愿，他是一个性情冷酷的人。2.他说服她，不要相信上帝，她这样做了，但她马上感到了愧疚。
3.这个男人说，他叫黑眉林，并给了她一个巫法扫帚，还有一些巫膏（用于施巫术——作者注）。
4.她曾在夜间在她的花园里飞行过一段时间。
5.她曾用这个扫帚飞到格欧革家，还去过卡塔琳娜家、安娜家。
6.还有许多她不认识的女人，来过她家，她们在一起又吃又喝。对这个今日看来荒唐的供词，法庭却很快做出判决：判处玛格蕾塔?m.死刑，1599年3月24日执行，由利剑斩首，柴垛上烧尸，审判词结尾是：“上帝原谅这可怜的魂灵吧。”
本来按照常规，女巫也要像异教徒一样，被活活烧死。不过在她之前的2月13日，市政府委员会就另外3个“女巫”处死方式进行表决时，以绝对多数通过了“先斩首，后焚烧”的决定。因而她与其他两位“女巫”不致再受活焚之刑，但被斩首后，尸段还是要被投到柴垛上焚毁，以保证“巫体”的彻底灭除。
弗赖堡1599年3月24日，那个阴冷的早春之日，就在当时马丁门外不远的河堤上，玛格蕾塔等3个被指控为女巫的人将在这里被砍头。堤岸下、河对面，站满了前来观望的市民。他们眼见着刀光之下头血飞溅，又跟随着装上尸首的推车前往设在城南2公里外的焚尸场。那里是重要的商贸交通要道，在事先备好的柴垛周围，早有更多的人围起观看，在那里烧尸是能起到杀一儆百功效的最佳地方。
玛格蕾塔、卡塔琳娜和安娜正是在欧洲中世纪后期“迫害女巫”恶潮的最疯狂期（1590～1630年）成为宗教邪恶势力的殉葬品的。这场从1480年前后开始延续到1780年的迫害恶潮，席卷欧洲差不多300年，玛格蕾塔这样的良家妇女，呜呼之间祸从天降，无辜葬身火海的人实在难以统计。专家估计的受害人数差距很大，从十万到几百万不等。数据不详的原因，一方面是由于法庭记录年久失传，另一方面就很多案例来说，人们已很难断定，对被害者是根据巫术还是针对异端信仰定罪的。不过在德国，还是有两个比较可信的数字可以说明当时迫害恶潮的猖獗。一是在巴伐利亚州小城班贝克，当时这个6000人口的古堡，5年内就有600人被判为女巫葬身火海：而在同时期的维尔茨堡（人口也约为6000），有近900人冤死，相当于每两天里就有一个“女巫”被处死。
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