1877年，哥本哈根大学录取了第一位女学生。20世纪上半叶，发轫于第五届索尔维会议的的哥本哈根学派与爱因斯坦、普朗克、薛定谔、马克斯?冯?劳厄、德布罗意等人之间的学术争论被视为物理史上最伟大的对决。
弥漫在这里浓郁而清新的学术自由空气，使这所古老学府历久常新。
1960年至1980年间是哥本哈根大学发展的黄金时期。期间，学生人数从6，000增至26，000，教职员工人数也相应大规模地增加。此外，这一时期内还兴建了新的动物学博物馆，以及以奥斯特和奥古斯特?克罗命名的研究所。
哥本哈根大学于1970年颁布校规，规定对大学施行民主化管理。1973年，这一规定得到修正，并很快被丹麦的所有高等教育机构所采纳。1990年至1993年期间的改革使得大学开设的所有专业都有授予学士学位的资格。
1993年，法学专业脱离社会科学学院而成为独立的法学院。1994年，哥本哈根大学开设环境科学、南北关系和生物工艺学等新专业，并在政策上给予倾斜，以适应其长期发展的需要。从1996年开始，哥本哈根大学又陆续建造了一些新的建筑，包括阿迈厄岛(Aar)上的生物技术中心和人文学院大楼（今SouthCap）。
1997年，哥本哈根大学与西兰岛上的其他丹麦高校，以及厄勒海峡彼端的瑞典高等教育机构加强联系，形成了信息互通、资源共享的学术共同体(?resundUniversity)，哥本哈根大学和隆德大学设立了秘书处。
随着厄勒海峡大桥的开通，两岸交流更是日益频繁，一跃成为北欧最具科研创新活力的地区(?resundScienceRegion)。
21世纪初，学校有超过3万7千多名学生和7千多名职工，成为全国最大的教学机构。2006年，学校宣布开始逐渐撤离拥有超过五百年历史的哥本哈根内城古教学建筑，对日益增多的院系部门进行集中化，以便形成更大、更现代化的校区和加强跨学科合作。
2007年，因合并皇家兽医和农业大学和丹麦的皇家药大学，哥本哈根大学纳入了两个新学院：生命科学学院和医药科学学院。生命科学学院和医药科学学院的生命科学、药学科学联同卫生科学，使其成为北欧最大的健康和生命科学中心之一。
2012年，医药科学学院、卫生科学学院、三分之一的生命科学学院合并为医药与健康科学学院，剩下三分之二的生命科学学院并入自然科学学院。至此，六大院系形成。
2013年4月，皇家图书情报学院(TheRoyalSchoolofLibraryandInforationScience)[12]正式并入人文学院。
在位于FruePds的古老的大学主楼的正门之上，栖着一鹰，其下就是哥本哈根大学的校训。原文为拉丁文“Coelesteadspicitce”（全句为“Subliiapetensniu/Coelesteadspicitce”）。丹麦文为“Den?jnerdethilskelys“。
英文为“Itbeholdsthecelestiallight”。
关于其中的“It”，有两种说法，一说猜测其为北欧神话中的维德佛尔尼尔，见证哥本哈根大学洞彻天际的智慧之光；另一说则出自彼时在哥本哈根大学同时攻读文学与自然科学学位的冰岛诗人JónasHallgrísn的诗Hornbjarg(“HornCrag”)，诗中的鹰是柏拉图等思想者之沉思——或者更广泛地说，人类之精神——的意象：鹰注视着天光的尽头，因其不惧阳光，而目光锐利；意指只有志存高远，不畏艰险，洞烛幽微，方能接近真理。
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