建文四年六月，燕军渡江直逼南京城下，谷王朱橞与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕兵进京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。朱棣登位后，就对建文帝的臣下展开血腥的屠杀，渡长江南下攻南京之际，齐泰正骑一白马在外办完公事返回京师，闻朱棣悬赏捕己，便以墨涂马，准备到外地组织兵马反攻，不意马汗洗墨，现出原形，被人认出，捉到京师问斩，全家除一六岁儿外无一幸免。黄子澄在嘉兴因人告密被捕，朱棣亲讯问，处以磔刑，族人不论老少一律斩首，姻亲全部充军，只有一儿侥幸留下，后改名田经，移居湖北。
朱棣即位前胁迫翰林院侍讲方孝孺起草诏书，方孝孺说：”死即死耳，诏不可书。”朱棣厉声喝问：”你难道不怕我灭你九族”方孝孺说：”便诛十族奈何”言罢拾笔疾书几字，朱棣一看竟是”燕贼篡位”四字，他令人按住方孝孺，以刀抉其口两旁至双耳，投入狱中，接着把方孝孺之外祖父、外祖母、姨表兄弟、岳父、岳母、姑表兄弟、外甥、外孙、本族以及学生的家族，总计十族搜捕入狱，每捕一人便带给方孝孺看，以便在精神上折磨他。最后捕到八百七十三人，全部杀死。十族中被谪戍边的尚不知有多少。
兵部尚书铁铉，被带进皇宫时背对朱棣面向青天，朱棣令其回头，铁铉不睬，被割掉耳鼻，又割了其肉，将肉烧过以后塞入铁铉口，朱棣连问”甘否”铁铉答：”忠臣孝子之肉有何不甘”最后被磔而死。户部侍郎卓敬，曾给建文帝上过密疏，说燕王占据北平，不能轻视，应封于南昌，易于控制。捕后朱棣问卓敬为何离间朱氏骨肉情谊，卓敬答说：”若先帝听我劝告，你还有今天吗”朱棣怒，斩其首，灭其三族。
礼部尚书陈迪，城陷时在外督运军粮，返回京师被捕，朱棣即位之日他大骂朱棣篡位窃国，结果，其子凤山、丹山等六人被捉来处以磔刑，刽子手将凤山的鼻舌割下强塞给陈迪吃，陈迪唾向凶手，骂得更厉害，终被凌迟处死，宗亲七百八十人被谪戍边。
刑部尚书暴昭不屈，朱棣先去其齿，次断手足，暴昭骂声犹不绝，至断颈乃死。
朱棣姐夫殷梅为淮安总兵，朱棣率军南下，以进香为名要通过殷梅防地，殷梅回绝说：”进香，皇考有禁，不遵者为不孝。”朱棣怒，回信说：”今兴兵诛君侧恶，天命有归，非人所能阻。”殷梅将使者耳鼻割掉放还，捎话说：”留下尔口为燕王讲君臣大义。”朱棣绕道打下南京，强迫其姐宁国公主写血书召殷梅还京，后碍于皇亲，不便亲自下手，乃托人行刺。与永乐三年十月一天早晨，梅殷入朝，前军都督佥事潭深、锦衣卫指挥赵曦，把殷梅挤至笪桥下淹死，随后报告说殷梅投水自杀。宁国公主找朱棣要人，朱棣假意要捉凶手，并让其二子做官以示安抚。后知内情的都督同知许成揭发谭深、赵曦之罪，朱棣不得已而治谭、赵之罪。这俩人说：”此上命也，奈何杀臣”朱棣为灭口，令力士以金打掉两人牙齿，并斩首示众，然后断二人手足，剖其肠祭殷梅。
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