2、航母和航战类元祖往往会拥有比同级别深海栖舰更高的搭载量和不同的航战队分布，这也是对身体的掌控能力不同造成的。
3、同样的原因使得航母和航战类元祖有可能使用出更加高明的战术配合，比如波式舰载机轰炸
4、装备的不同。部分装备是无法量产的（譬如这些猫球，还有某些高级潜水艇鱼雷等），而元祖往往持有这些不能量产、不输给美日舰娘的优秀装备
5、来自地球的早期深海栖舰继承的记忆是完整的，因此更容易摆脱盲目的仇恨，也更容易成为深海栖舰改。顺便一提能否摆脱怨灵的本能跟是否是深海栖舰改没有必然联系，在此之前就觉醒的深海栖舰有之，相信改了以后也不能觉醒的也肯定有之，只不过由于深海栖舰改是深海栖舰灵力大幅进化的一个契机，故而绝大多数家伙的觉醒都是在此时开始的
6、元祖深海栖舰对同级的深海栖舰在灵力应用上有着加成，大部分元祖（尤其是潜艇）身边都会聚集10只以上的同型舰
“如果我没记错的话，普通的旗舰独立级应该是四个航空队、每队22机的样子……”欧根亲王努力回忆着，“独立的编队是三个航空队、每队30机嘛……”
“每个航空队数目等于她生前的作战载量，”萨拉托加小声补充，“没有问题……”
“嗯……”石田猛又沉吟片刻，“长门，ヨ级潜艇的元祖是不是在鳄鲨海峡附近？”
“诶？”长门明显一愣，“听说是的……您见过她们了？”
“啊……是啊，在吕宋的剑阑半岛附近，同时还有一队不愿服从石丸海幻的酒匂级孩子们。”石田猛向众人简单介绍了一下石丸海幻其人，还有他跟实际是深海栖舰狂热崇拜者的文莱提督勾结的事情。末了说：“虽然现在再去一次南西海域可能会引起石丸海幻的怀疑，不过我还是觉得把这批旗舰酒匂级和那个元祖ヨ级收服，是非常重要的事……正好我的下一步计划就是充实我们的特务部队。”
“嗯……那些被背叛而死的孩子绝对不能放弃这是肯定的，不过……在我们拥有潜艇部队以前，我不建议我们轻易重返南西诸岛。”长门沉吟了片刻，加重语气，“而且更重要的是，我不认为您能够收服那个家伙……所谓的ヨ级潜艇。”
“……哈？”
“唔……我就直截了当地说了吧，我和金刚这一年以来的经验。”
深海栖舰和舰娘，如果说是和御魂和荒御魂的关系，其实还是不太准确的。实际上，大致可以说是幸魂和荒御魂的关系（说到这里欧根亲王和萨拉托加都是一副“虽然不明白但是觉得很厉害”的表情）。单就舰娘来说，所有的舰娘都是善良的少女，而且，同一型的舰娘一般实力也相近——除了部分被引为传奇或改二的家伙之外。
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