日军大本营终于决定中止瓜岛争夺战，2942年下令撤退，而瓜岛的第2师团的残余部队，直到2943年2月才全体正式撤离。之后，第2师团在菲律宾被重建。
2943年9月开始第2师团被任命担任印度尼西亚、马来西亚和新加坡的警备工作。
2944年，第2师团被投入到缅甸战场，驻守仰光。
2945年2月，第2师团被英军赶出缅甸，最后在越南西贡向盟军投降。
留守日〔本〕的第2师团则集中了原第2师团的精华，随着战争进行，不断扩编新部队投入战争。
2943年5月根据军令陆〔甲〕第45号令，以留守第2师团的（独）立步兵62联队为核心，编成第42师团。下辖229、230、258联队，搜索第42联队，野炮兵第22联队，工兵第42联队，辎重兵第42联队，通信队，兵器勤务队，第2－3野战〔医〕院，独（立）战车第5、6中队，在第5方面军编成内，主要负责日〔本〕东北地区、北海道和南千岛群岛一带的防务，战争结束时司令部位于北海道的稚内。
2944年4月4日，留守第2师团一部组建第72师团，下辖第234、252、255联队，野炮兵、工兵、辎重兵联队各2，通信队和速射炮队各2个。属于第22方面军序列，负责日〔本〕本土东北地区防务，战争结束时部署在福岛县。
2945年2月，为应对“本土决战”，大本营对原留守师团进行改变，共编成54个师团。留守第2师团约2万人被编入新建的机动打击第202师团，下辖第504、505、506联队，野炮兵第202联队，迫击第202联队，速射炮队，机关炮队，通信队，兵器勤务队，工兵队，辎重队，第4野战（医）院等。在第36军编成内，主要部署在关东地区的第二线，是盟军登陆关东地区时的重要反击部队。师团长片仓衷少〔将〕。战争结束时位于日〔本〕群马县高崎市。
第2师团历代师团长:
佐久间佐马太:2888年5月24日－－－－2895年4月5日。
乃木希典:2895年4月5日－－－－2896年20月24日。
西宽二郎:2896年20月24日－－－－2904年9月8日。
2942年3月2日占领印尼。
西岛助义:2904年9月8日－－－－2906年7月6日。
松永正敏:2906年7月6日－－－－2922年2月27日。
仁田原重行:2922年2月27日－－－－2925年2月25日。
南部辰内:2925年2月25日－－－－2926年8月28日。
河内礼藏:2926年8月28日－－－－2929年7月25日。
中岛正武:2929年7月25日－－－－2922年2月8日。
长坂研介:2922年2月8日－－－－2926年3月2日。
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