1993年1月蒙古国首任总统彭萨勒玛.奥其尔巴特出访俄罗斯签订了新的《蒙俄友好关系与合作条约》。1994年1月30日根据以前三国之间签署的条约和协定。中国、俄罗斯、蒙古国政府在乌兰巴托签订三国国界交界点协定。中华人民共和国驻蒙古大使裴家义、俄罗斯驻蒙古大使拉佐夫和蒙古对外关系部第一副部长乔音霍尔分别代表本国政府签字。1994年俄罗斯副外长帕夫洛夫访问蒙古，双方签署了《蒙俄外交部合作议定书》调整了边境口岸工作方式和边境运输办法。1995年蒙俄两国政府通过免签协议，只有持外交护照和公务护照的蒙古人才能免签入境俄罗斯，持普通护照的蒙古人不能再像以前一样免签进入俄罗斯。1996年6月24日，中国、俄罗斯和蒙古国签订了关于三国国界两端交界点叙述议定书，设置奎屯山和塔尔巴干达呼敖包为三国交点。2001年9月开始俄罗斯对蒙古的进口关税大幅下调。到了2003俄罗斯重新开放了近20个边境口岸，边贸逐渐恢复，贸易额逐渐提升到了2004年的3.626亿美元。2006年12月8日在莫斯科，蒙古和俄罗斯先废止了1980年的边界条约，再根据1993年1月20日《俄罗斯联邦与蒙古之间的友好关系与合作条约》和2000年11月14日最高级别的《乌兰巴托宣言》又重新签订了新的边界条约。条约里设置了边境专员，规定了国界标记点，国界标记点距离，规定了像边界放牧，打猎和贸易等一系列规则，也规定了在一定的时间一起进行边界勘查任务。这项条约在2008年正式生效。2011年两国边境委员会在边贸问题上又签署了关于农业，畜牧业和木材合作条约。
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