由于广州一役太平军忽然登6作战，广东府道台总兵等高级将官悉数被太平军杀死或俘虏。清军在广东的指挥系统陷于瘫痪，各地清军互不统属，各自为战，结果自然是可想而知的。
七月至八月间。太平军三路大军横扫广东，除了东路军在潮州、梅州等地遭到清军李廷钰部强力抵抗之外，其余各路都进展顺利。到得八月底，广东清军基本被肃清，梅州也被攻克，福建巡抚王懿德等官吏自杀，只剩下清军老将李廷钰镇守孤城潮州，但也是被太平军团团包围。
广州被攻陷之后，萧云贵仿上海、宁波等通商口岸成例，单独成立了广州军政司治理广州，派遣卢贤拔接任广州军政司司长，李天熙为广州卫戍部队统兵大将，成立南海舰队，唐正财为舰队提督。而罗大纲率领大部分舰队返回上海之后，原来上海的舰队便升格为东海舰队。
卢贤拔到任后，照搬了上海的成例，迅接管海关，成立粤海关，废除苛捐杂税，鼓励工商展，得到了广东商民百姓们的支持。同时广州富庶，仅仅在广州满清海关衙门内就搜出白银一百余万两，随着一大批广州官员的府衙被查抄之后，太平军总计得了五百余万两的钱粮财物。
同时广州城内也有满城，太平军这一次并没有对广州的满城进行大肆屠戮，在攻入满城之后，除了将顽抗分子坚决剿灭之外，大部分满城的旗民们选择了投降，而太平军也接受了他们的投降。
旗民们投降之后，财物大部分被查抄，十余万旗民被驱赶出满城，分散安置到广东几处较大的矿产区从事采矿等繁重的劳作。广州满城的旗民可以说并不富庶，到了鸦片战争后期，旗民们领取的钱粮日渐减少，到了咸丰初年更是直接生计困难。而从康熙年间开始，驻守广州的旗民兵丁就被严禁学习耕作手工技艺，这些人根本就没有一技之长，也无法从事任何生产，严禁从事工商活动。然后广州旗民严禁与外城百姓通婚，甚至严禁离城十里，这导致满城内的广州旗民们同外界基本上是没有什么社会接触的。
对于这些没有社会关系，没有一技之长的旗民，太平军自然不可能让他们如此继续在广州城待下去。悉数安排到各大矿产从事简单的体力劳动便是最好的选择，在太平天国之内没有人可以享受不劳而获。
于是十余万旗民开始了血泪的搬迁史，他们被太平军按家庭为单位分为数十批，每批数千或万余人不等，分别安置到广东、福建、江西等地去。一路上太平军只是供给最基本的口粮，旗民迁移艰难困苦，拖家带口、风餐露宿。哭喊声震四野，沿途押送的太平军也颇为于心不忍。
其实广州旗民生活得并不太好，甚至比广州一些外城百姓都要糟糕，外城百姓还能有谋生手段，他们就只能靠微薄的旗丁钱粮生存，如今他们经历的苦难也只能怪他们崇尚弓马的祖先了。要不是强加给他们的种种所谓祖制，他们也不会落到如斯田地。
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