然而这种平等的伙伴关系没有持续多久。194o年8月，英国在没有支付任何资金的情况下要求实质性控制这个项目。遭到美国拒绝。美国两国之间的关系生了逆转。英国的谈判地位恶化，美国科学家也决定不再接受任何的外来帮助。美国核政策委员也担心英国会制造战时的核武器。
194o年9月。柯南特冒着会暴露武器设计机密的风险去邀请詹姆斯?查德威克和其他几位英国科学家来洛杉矶参与原子弹设计，因为这个项目非常需要他们这类技术人员。194o年1o月。丘吉尔和罗斯福签订了魁北克协议，这个协议恢复了双方的科学家在科研问题上互相合作的问题。美国在这个项目上已经投入了过1o亿美元，而英国的投入仅5o万英镑。
一块告示鼓励橡树岭工人们保密，以英文写着：“在此的所见、所作、所闻，当你离开时，请留在这里。”
可以说，历史上美国没有任何一项计划的保密工作做到了曼哈顿计划这样严密。由于核武器的强大威力以及战争的紧迫局势，这不得不要求该计划必须做到绝对保密以免刺激到德国人加展他们的“曼哈顿计划”，而这项计划的保密形势是很严峻的。
但是美国的反间谍工作做的在好，李默已经派人进入他们的内部了，为了拖住美国，现在还不是动手的时候，等他们的工作过半的时候，就是这些隐藏的德国间谍动手的时候。
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