在削藩问题上，朝臣本来有着不同的意见。以前军都督府左断事高巍和户部侍郎卓敬为代表的一些大臣主张采用汉代“推恩”的办法曲线削藩。他们建议建文帝把藩王的权力分封给藩王所有子孙而不仅仅是嫡长子一人，而且要异地分封，这样藩王的权力就会逐渐削弱，不会再威胁到朝廷。卓敬更是建议建文帝立即将燕王迁封到南昌，既维护了亲情，又削弱了他的力量。建文帝认为很好，却没有去实行。以齐泰、黄子澄为首的大臣坚决主张削藩，但在具体削藩策略上有所不同。黄子澄认为燕王实力强大，应该先削弱小的周、齐、代诸王，去燕王的羽翼，待时机成熟再削燕王。齐泰则主张擒贼先擒王，只要先铲除燕王，其他诸王自然无力反抗了。可惜的是，建文帝听取了黄子澄的意见。建文帝并未意识到他的行动实际上已经打草惊蛇，燕王朱棣正发展势力，蓄势待发，一场大战迫在眉睫。
可以说建文帝的削藩主要是针对燕王的。但建文帝的决策错误害了他，在重大问题的决策上，这是他的第一个错误。他并没有先削燕王，而是先从燕王的同母兄弟周王下手，这样不仅引起了亲王们的岌岌自危，还打草惊蛇，使得燕王加紧做出准备。在建文帝决定对朱棣下手的时候，为时以晚，燕王朱棣迅速扯起了靖难的大旗。
在最初的战斗中朝廷的兵力占绝对优势，但由于李景隆的指挥不当，明军屡遭败绩。由于兵力所限，燕军占领的城市都是很快的放弃，因此双方展开了拉锯战。在此期间明军中涌现出了一批比较优秀的将领，他们的顽强抵抗给朱棣造成了极大的威胁。但是朱允炆的软弱再一次显示出来，他的一道圣旨，“我要活的叔父”使得朱棣逃过了多次劫难，建文帝的妇人之仁最终将朝廷推向了深渊。
朱元璋在遗诏中说朱允炆“仁明孝友”，这是为史家所认同的。
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