另据文秉《先拔志始》记载，神宗曾经与郑贵妃一同去紫禁城西北角的大高元殿行香。其间郑贵妃要万历皇帝立下誓约--立皇三子朱常洵为太子，并将誓约藏于一个玉盒之中，交付郑贵妃保管。后来，神宗改变了立朱常洵为太子的念头，命人去郑贵妃处取回玉盒。玉盒表面如故，揭开一看，誓约上所写的誓文腐蚀殆尽，只余一张白纸。这让神宗感到非常害怕，从此也就决意立朱常洛为太子了。其间，三王并封、皇太子出阁讲学等事情，神宗与朝臣之间有过不少的争议和冲突。但是，一切的局势倒还是向有利于朱常洛的方向发展。
万历二十九年（1601）十月，朱常洛正式立为太子。然而，皇三子朱常洵仍未离京之国，宫廷中的明争暗斗仍然继续。
朱常洛被册封为皇太子的时候，已20岁。次年，皇太子纳郭氏为皇太子妃。这在明朝历代的皇帝中，结婚已相当的晚了。一般明代皇帝的结婚年龄，多半在16岁左右。朱常洛万历十三年始出阁讲学接受教育，21岁始婚，可见神宗对他的冷淡。因此，婚后的皇太子移居慈庆宫，一则与母亲王氏隔离，难以往来；二则受神宗的冷落，境遇并不很好。王氏居景阳宫，且眼睛患白内障，几近失明。
万历三十九年（1611），王氏病危。朱常洛前往探视，只见宫前门庭冷落。王氏听到儿子朱常洛的声音，用手抚摸着儿子，不禁凄然而泣，说："儿长大如此，我死何憾！"朱常洛及左右皆泪下如雨。母亲死时，朱常洛已有五子，后来的思宗朱由检亦已出生。然而，获得太子名份以及生下皇孙，并不能改变朱常洛的境遇。东宫的防卫也非常松弛，侍卫仅寥寥数人。宫中的太监也多因东宫门庭冷落而告假而去。万历四十三年（1615），慈庆宫遂发生梃（ｔǐｎɡ）击一案。
万历四十三年（1615）五月初四日黄昏时分，一个陌生男子手持枣木棍闯入慈庆宫，打伤守门的老太监，直奔前殿檐下。太子内侍韩本用闻讯赶到，与同来的七八名太监将陌生男子擒获，交由东华门的守卫指挥使朱雄收监。第二天，朱常洛将此事告知神宗。皇帝立即派人提问。当天，御史刘廷元就将讯问的结果奏报给皇帝：闯宫的男子名叫张差，是蓟州井儿峪（ｙù）的百姓，语言颠三倒四，看起来有点颠狂，话里头常提到"吃斋讨封"等语，但又有些狡猾，看来要认真审问。初十日，刑部郎中胡士相等官员对张差的审问结果是：张差因被人烧了柴草，要来京城申冤，在城里乱闯，又受气颠狂，受人诳骗说拿一木棍可以当作冤状，然后乱跑，误入慈庆宫。前后两审的结果似乎有些不同，非但"吃斋讨封"的话头没有提起，连带狡黠的性格判断也没有了，变成纯粹的一个"疯颠"的结论。胡士相等人的处理意见是：按照在宫殿前射箭、放弹、投砖石伤人的法律，对张差问斩。但是，皇太子朱常洛在万历一朝中的地位及其安危，始终是一些正直的官员们所关心的。官员们不禁会想，慈庆宫虽然禁卫不严，但又怎么是一般人说进就进的呢？这背后肯定有隐情。刑部提牢主王之■(cài)抱着这样的疑问，在牢中亲自审问张差。
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