位于巴伐利亚的奥格斯堡现在成了法军的主要后方供给地，拿破伦命令贝尔蒂埃将慕尼黑变成战争指挥中心。还有一个很严重的问题困绕着拿破伦，那就是初冬的暴风雪和严寒已经降临，但是法**人身上穿的仍然是8月从英吉利海峡转移时穿的衣服。由于后勤运输不足的原因，如果不能在寒冬来临之前击败敌军的话，那么法军就很可能输掉这场战争。
为了迅占领维也纳，抢占奥地利的各种物资，1o月22日拿破伦命令休整了两天的各军团迅向维也纳推进，并且要求欧仁的意大利方面军进攻奥地利南部，尽可能的多牵制一些奥军，以减轻法军的压力。
俄军统帅库图佐夫的军团是离查理大公和维也纳最近的军团，出乎拿破伦的预料，在法军大举逼近维也纳的时候他却拒绝和他的奥军盟友一起保卫奥地利的都维也纳。在法军还来不及展开行动之前，库图佐夫指挥俄军迅撤离，在克雷姆斯渡过多瑙河，向北实行退却。俄军撤退时几乎炸掉了多瑙河上所有的桥梁，以阻止法军的追击。拿破伦命令缪拉、拉纳和达武军追击库图佐夫军。
俄军北撤之后，多瑙河南岸地区的奥军兵力更加单薄，法军因而得以长驱直入，几乎没有遇到什么抵抗。1o月28日，达武重创俄军后卫军团(由奥军分遣队组成)，库图佐夫仍然未回头给予救援。而缪拉，没有和达武一起乘胜追击库图佐夫，而是擅自决定攻打抢占胜利嘉奖的珍宝——维也纳。拿破伦在林茨得知了缪拉的严重错误——事实上该错误导致库图佐夫得以沿多瑙河撤至俄军主力所在的摩拉维亚，怒不可遏的拿破伦不敢相信此事，立即给这位妹夫了一封措辞严厉的信，大骂缪拉鲁莽得像个疯子，由于他的擅自行动使法军在追击库图佐夫的过程中丧失了两天宝贵的时间。缪拉不理解法军的战略目标是摧毁敌军的有生力量，而不是攻占城池。由于他没有执行拿破伦的与达武“密切配合”的命令，使得本来可以大获全胜的战役变得疑云重重——如果联军杀回马枪，也许还会使法军一败涂地。然而，说到底，拿破仑本来就对缪拉不满，深层的原因无疑是缪拉曾经和约瑟芬睡过觉；加上他在这次战役中屡屡违背拿破仑的意图、放跑库图佐夫，贻误了战机，拿破仑对他自然更加不满。
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