随着阿帕克和卓家族的日渐崛起，伊达雅图勒拉与叶尔羌汗国的统治者产生了矛盾，后来两方大大出手。大概在1692年，阿帕克和卓战胜了叶尔羌汗马哈麻特*额敏，控制了喀什噶尔、叶尔羌等地。两年后阿帕克和卓去世，权利开始出现真空，喀什噶尔一带陷入叶尔羌汗、白山派、吉利吉思（布鲁特）和各地伯克的混战之中。
当策妄阿拉布坦继任准噶尔汗后，天山南路被置于他的直接统治之下，黑山、白山两派的和卓后裔谁都没落下好，全都被迁至伊犁（今伊犁州霍城县）一带囚禁。到了噶尔丹策零在位时，又任用黑山派和卓达涅尔管理叶尔羌、喀什噶尔等地事务。此时，阿帕克和卓之孙玛罕木特已在囚禁中死去，其二子波罗尼都和霍集占，被囚禁于伊犁东北的额林哈毕尔噶，由当地准噶尔宰桑阿巴噶斯、哈丹兄弟看管，而这被囚禁的二兄弟就是大小和卓。
1755年，当乾隆平定准噶尔叛乱的时候，波罗尼都和弟弟霍集占领着三十多人投靠清军。伊犁平定后，清朝命令他们返回南疆，招抚旧部，统领维吾尔民众，主管伊斯兰教务。
不过其后就生了阿睦尔撒纳之乱，这人原本是清军平定准噶尔时的定边左副将军，在平定完叛乱之后，清军主力回撤。而阿睦尔撒纳因为觊觎准噶尔汗国汗位，于是在赴热河的过程中叛逃，后来与一帮人攻占了伊利，只是很快就被平定。走投无路的他只得向西逃往哈萨克汗国，也就是我们说的哈萨克斯坦，不过因为与那里的汗王闹翻，又被迫跑到了俄罗斯，结果没多久就死于出痘。
只是他这一闹不要紧，大小和卓兄弟中的小和卓霍集占开始动起了自立为王的心思，而大和卓波罗尼都比较安分守己，不过后来被自己的兄弟牵连，也不得不走上了反清造反的道路。
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