郑克臧预计在未来两年内将台江队的职责移交给淡水队，在移交职责及部分舰船的同时，台江队将逐渐接收新建的夹板船，使之成为与打狗队一样的远航舰队。等台江队完成换装之后，郑克臧还将再6续为鹿港、澎湖两队换装，最终郑军水师将实现主力夹板船化，只保留淡水队作为一支己训练、实践一体的混合舰队。
由于在淡水队完成换装之前，明郑无力把太多的力量投放到大6，为了防止清军可能的反扑，所以6师的整编也刻不容缓。为此，郑克臧先宣布以童子营为幼武学，并以童子营的模式组织了武学。今后幼武学提供下级武官，而武学则负责普通士卒晋升武官的教训以及武官的进阶强化教学任务。
武学的设立让郑克臧有名义将大量的原郑军中级将领调入学习或是充任教习，再加上之前将黄良弼、徐青等镇将转入文途，原本对郑克臧不服帖的原郑军各大军头已经不复存在了，所以郑克臧得以进行下一阶段的军事改革。
永历三十七年十一月初一，郑克臧正式下令将郑军原来各镇的名号统统取消，至于镇将、总兵、副将、监督、监理、协将等官位也一并开缺。随后，郑克臧又对童子军的体制进行改良，以此重新组建了左右武卫、左右虎卫、左右勇卫等六师。
所谓“师”，并非郑克臧依据方明的记忆在杜撰一个编制，要知道在《易经?师卦注》中有“多以军为名，次以师为名，少以旅为名”一说，《疏》中也有“春秋之时，虽累万之众，皆称师”的注释，《周礼?地官?小司徒》中有“五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师”的明确编制，东汉许慎在《说文》更明确指出“师，二千五百人为师”。
当然郑克臧的编制要略大一些，他以一个师辖三个团，每个团辖六个哨。说到“团”，其实就原来的标，早在西魏、北周时，当时的军队就以“团”作为一级组织，不过当时并没有明确的标准说一团应该有多少兵马，到了隋代，曾以一百人为一队，步兵二十队为一团，骑兵十队为团，而唐朝府兵制度中每团的兵力被明确为三百人，郑克臧的团则相对接近隋制。至于“哨”则是原来的“营”，唐制营通常辖两到三个团，为了不让人误会上下级之间的关系，因此郑克臧才特意把“营”换成了“哨”。
新的编制表里哨的建制基本不便，每哨下辖五十人的刀盾、火铳、长矛各一队，另外还有直属的辎兵班、令兵组各一，正六品承信校尉衔的哨官、从六品忠显校尉衔的副哨官、正七品忠武校尉衔的哨参军、从七品护军校尉衔的哨监察各一员，此外还有哨旗手、哨鼓手各一，火兵三人，如此全哨合计一百八十人。
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