由其职责和配属方式所决定，辅警的组织架构大体与警队的行动系统相对应。
一、辅警总部
由一位辅警总警司掌管。内设交通、通讯、乐队、学警4个部门。其职责除了负责有关辅警的日常行政工作外，还负责举办新招聘辅警人员的训练课程和晋升课程。
二、总区
与各6上警察总区相对应，辅警也设有5个辅警总区，总区之下分为若干警区，统由辅警总部管辖。
——港岛总区。总部由一位辅警总警司掌管，分为行动、行政两大部分，各由一位辅警高级警司负责。其中行动部分又辖1个冲锋队、2个特别职务中队、1个交通部。下设8个警区、1个交通单位。
——东九龙总区。总部架构与港岛总区同。下设4个警区、1个交通单位。
——西九龙总区。总部架构与港岛总区同。下设7个警区、1个交通单位。
——新界北总区。总部架构与港岛总区同。下设5个警区、1个交通单位。
——新界南总区。总部架构与港岛总区同。下设5个警区、1个交通单位。
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