董卓执政以后，表面上对朱儁十分敬重，实质上却对他颇为忌惮。关东诸侯们起兵反董以后，董卓有意迁都，朱儁屡次阻止。董卓虽然恶心朱儁反对自己,然而想利用他的名望,于是上表请升他为太仆,作为自己的副手。但朝廷使者授官,朱儁辞不肯受，最终不了了之。
董卓去长安之后，命令朱儁留守洛阳,朱儁便与关东诸侯们相联络，想以自己作为内应。后来，由于消息可能被泄露，朱儁害怕被董卓偷袭,于是弃官跑到荆州去了。董卓后来任命弘农人杨懿为河南尹,驻守洛阳。朱儁听说之后,随即带兵进入洛阳,杨懿听闻消息后就跑了。
朱儁认为河南残破没有什么可以倚靠的,于是放弃洛阳东去驻军中牟,通告各地州郡,请他们出师讨伐董卓。徐州刺史陶谦出精兵三千,其余各州郡都给了一些,陶谦上书保举朱儁代理车骑将军。此后，李傕、郭汜率领数万人讨伐朱儁，朱儁出击，被击败。朱儁自知兵寡不敌，于是停留关下，不再前进。
初平二年292李傕、郭汜杀掉王允，赶跑吕布，挟持汉献帝控制了朝政。朱儁当时还在中牟，陶谦认为朱儁是名臣宿将，屡立战功，可以委以大任，于是在年后和诸豪杰共同推举他为太师，并传檄给各州牧伯，相邀一同讨伐李傕，奉迎天子。
李傕用太尉周忠、尚书贾诩的计策,征召朱儁入朝。朱儁因为天子的大义决定去长安，朱儁接替周忠为太尉，录尚书事。
兴平二年295西凉军内乱，李傕先杀死樊稠，然后李傕、郭汜在长安城内互相攻伐，长安大乱。李傕劫持献帝到自己的营中，献帝命朱儁和太尉杨彪等十多人去说服郭汜，让他与李傕和解。郭汜不肯,因把朱儁等人作为人质扣留起来。朱儁性情素来刚烈,当天发病去世。
朱儁性格刚烈，有气节，能兵善战，但政治差一点。
浅谈三将
在这三位将领之中，卢植能文能武，皇甫嵩用兵如神，朱儁次之。
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