建安三年298，荀攸遂曹操讨伐张绣，当时荀攸在曹操出兵之时就劝曹操不要动手，他认为张绣和刘表貌合神离，给予太大压力反而会迫使两者联合，不容易对付，可以坐视不理，然后在乘虚而入，但曹操不听，结果无功而返，还被张绣和刘表的联军一路追杀。事后，曹操不再打南阳了，张绣反而在贾诩的劝说下再次归顺曹操。
曹操从南阳回来后，恰逢吕布叛变，于是曹操出兵讨伐徐州，将吕布包围于下坯，但曹操久攻不下，于是准备退军，这时是荀攸和郭嘉劝阻了曹操，后来曹操引沂水、泗水灌城，大破吕布，将其消灭。
据魏书记载，曹操准备讨伐吕布之时，很多人认为后方的张绣还没有被消灭，这时讨伐吕布是很威胁的举动。但荀攸却认为刘表、张绣刚刚经历过战败，必然不敢有所行动。而吕布骁勇，背后还有袁术，如果纵横在江淮一带，必然会得到很多豪杰的响应。现在应该趁其刚刚叛乱，人心不稳之际讨伐，胜算必然大增。曹操认为荀攸说的很对，于是出兵，当时吕布已经打败刘备，并且得到了臧霸等人的响应。
建安五年200，曹操和袁绍爆发大战，荀攸随军作战，荀攸先是提出了声东击西之际，帮助曹操成功在白马打败了颜良，后又在西退途中消灭了文丑，重创了袁绍军势。其后在官渡荀攸更是劝谏曹操派徐晃等人成功袭击袁绍的粮草，大有斩获，后来又和贾诩一起劝说曹操听从归降的许攸之计袭击乌巢，大破袁家，并且最后还帮曹操收纳张郃等人的投降，在这场决战中，荀攸的功劳不比任何人低。
官渡之战后，曹操在南下讨伐荆州和北方消灭袁氏之间摇摆不定，后来袁谭遣辛毗请降求救，当时多数人想南下，是荀攸苦劝曹操抓住机会北上，最终曹操才得以轻松消灭袁氏三兄弟。
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