兴平元年294，河西的敦煌、酒泉、张掖、武威四郡，因为距离凉州官府所在地冀县太远，而且交通又被盗寇阻断，因此上书请求另外设置一州。同年六月，汉献帝下诏设置雍州，任命陈留人邯郸商为雍州刺史，治理河西四郡事务。这时凉州和雍州的位置和大多数人所想的不一样，是凉州在东，雍州在西，雍州治所则是姑臧。
后雍州和凉州在建安年间再次发生变化，建安十八年223，荀彧死后，曹操并天下十三州为九州，东面的凉州与司隶校尉部的三辅一起并入雍州，治所则改在长安。曹魏黄初元年220，分河西八郡复置凉州，这时雍州和凉州的地理位置才是现在大多数人所认为的雍州在东，凉州在西。
入主关中
关中本来是西凉军的势力范围，先后为董卓和李郭所占据，但后来西凉军内部矛盾激化，李傕先是杀死了当时西凉军三巨头之一的樊稠，后又与另外一位郭汜决裂，在长安城内部交战连连，最终导致汉献帝出走，自此西凉军势力大为衰落，建安二年297，郭汜被部下伍习杀死，余部被李傕兼并。
同年，曹操派谒者仆射裴茂率领关西诸将段煨等讨伐李傕。次年李傕退守黄白城，被张横、梁兴等击败斩首，曹操下令夷灭其三族。
西凉军势力没落之后，关中地域则被韩遂、马腾等人所吞并。
交联曹操
建安四年299，曹操为了在对抗袁绍有一个稳定的后方，听从荀彧的建议上表任命钟繇为侍中、代理司隶校尉，持节督关中诸军，将后方事务委托给他，特别授予他不受制度拘束的权力。钟繇到达长安后，致信马腾、韩遂等人，为他们陈述利弊祸福，马腾、韩遂都送自己的一个儿子到朝廷为人质。
这也标准着以韩遂、马腾为首的原凉州叛军势力对于曹操所控制下许昌朝廷的屈服和认可。
建安七年202，袁尚派高干、郭援率军数万，与南匈奴单于栾提呼厨泉进攻河东郡，并派使者与韩遂、马腾等关中诸将联合出兵，曹操派钟繇对抗，而钟繇派张既劝说马腾支持曹操。马腾派马超率精兵一万多人，连同韩遂等的军队，与钟繇合击大破郭援等。献帝拜马腾为征南将军、韩遂为征西将军，允许他们开府辟召掾属。
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