后来事情泄漏出去，自国相以下的人，都秘密的压下此事，张俭得以逃脱。但孔家没有幸免，孔褒、孔融逮捕均被逮捕送入监狱，但大家都不知道他们二个人是谁包庇了张俭。结果两兄弟争先认罪，孔融说：“收容隐藏张俭的是我，有罪归我。”孔褒说：“张俭来找我，不是弟弟的罪过，罪在我，心甘情愿。”吏问他们的母亲，母亲说：“长者担任家事，罪责在我。”一门争死，郡县疑不能决断，于是向朝廷请示。诏书最后定了孔褒的罪。孔融因此得名，与平原陶丘洪、陈留边让齐名。
得罪宦官和董卓
孔融名声大振之后，州郡以礼任命，都不就。征召司徒杨赐府。当时暗暗地察访官僚中的贪污分子，准备予以贬谪罢免，孔融检举多为宦官的亲族。尚书害怕得罪皇帝的宠信，召属官诘问斥责，孔融陈述他们的罪恶，毫不隐讳。
之后河南尹何进当升为大将军，杨赐派孔融拿着名片去祝贺何进，没有及时通报，孔融就把谒夺回归府，引罪自责回去了。河南尹官属认为丢了面子，私派剑客想追杀孔融，有客对何进说：“孔文举有重名，将军如与他结怨，四方之士就会相率而去了。不如以礼待他，使天下人都知道将军胸怀广大。”何进同意，于是在受任大将军之后，征辟孔融，举其为高第，迁任侍御史。孔融又因为与上司御史中丞赵舍不和，托病归家。
后来，孔融被征为司空掾属，授任北中军候。在职三天，转任虎贲中郎将。正逢董卓总揽朝政，想要废掉汉少帝刘辩，孔融与董卓争辩，言辞激辩，常有匡正之言。董卓怀恨在心，但顾虑孔融声望太高，于是就将孔融转任议郎，随后又暗示三府太尉、司徒、司空举荐孔融到黄巾军最为猖獗的北海国为相。
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