只是在应该由谁指挥这次的战斗上，议事院中的诸公之间还是发生了分歧。
从汉武帝之后，大汉上下无论是百姓还是官员对周围的异族都用强大的心理优势，他们从来不认为对外的战争会有失败的可能xìng，所以都将这次的作战机会当做了赢得声望，挣取功勋的机会。
本来何进身为大将军，统领军队带外作战责无旁贷，但是一则何进其实并没有太多的领兵作战经验，二则议事院中的三公及他们的僚属对何进在议事院中的强势十分不满，一直希望削弱何进的势力，自然不愿意让何进再次领兵挣得威望了，第三，何进本人也不愿意离开洛阳这个权力中心。他现在虽然贵为大将军，而且在议事院中占有主导地位，但是一旦离开洛阳，什么事情都有可能发生。边允和韩约都极力劝说何进留在洛阳城中。
除了何进之外，最有资格指挥这次战争的就是在之前平定黄巾军的战斗中立下大功的卢植、朱儁、皇甫嵩三人。这三人中，卢植地位最高，他的加衔太傅位列上公，比三公还要高一点，只比何进的加衔太师低一点。而且在冀州作战的经历也充分展示了卢植的军事指挥才能，本来是最合适的人选。
但是议事院中的诸位公卿原本就对卢植颇为忌惮，好不容易将他打发到边远的幽州担任刺史，不愿意让卢植再有机会建功立业，威胁到自己的地位。
朱儁所立的功劳虽然比皇甫嵩更高，但是朱儁的指挥水平并不高，在和黄巾军作战的初期经历了数次的失败。皇甫嵩更多的是因为参战时间较晚，没有充分的机会展示自己的才能，但是在有限的机会中皇甫嵩还是充分的表现出了自己杰出的军事才能。
何进虽然已经打定主意不去前线，但是他也不愿意让诸位公卿的想法实现，在韩约和边允的授意之下，何进大力支持卢植指挥这次战争。
而诸位公卿中有人支持朱儁，有人支持皇甫嵩，没能形成统一的意见，最终在最后的投票中还是卢植得到了最多的支持，被授命全面主持这次战争。
在原有的官职全部保留的情况下，卢植又被授予了车骑将军的职衔，这个职衔是为了让卢植更好的统领参战的各路军队。
这样，如今的卢植就是太傅、车骑将军、幽州刺史、涿县侯，如果这次战争能够取胜，卢植将肯定能够升任三公。
聚集在洛阳的各州刺史也都紧急返回了各自的辖区，那些身处前线的刺史还要进行战争准备，一方面动员军队，一方面准备粮草辎重。
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